Bioinformaticien


CV29740
15/12/2015
15/12/2015
Immédiate

Bac + 5 et plus : DEA, DESS, mastère, MBA...
Entre 3 et 5 ans d'expérience

Coordonnées
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Expériences
agrocampus ouest
bioinformaticien
Ce post-doc intervient dans le cadre du projet GenInnov, financé par la région Bretagne et fait partie d'un appel à projets « Stratégie d'action durable ». Il a pour but de développer des outils pour la recherche et la formation dans le domaine de la sélection génomique.
Le projet GenInnov est en partenariat avec EVOLUTION, un leader de l'élevage bovin en France avec plus de 1000 employés, situé à Rennes. L'objectif est le développement d'un worflow d'analyse génomique des relations entre génotypes et phénoptypes. Plus spécifiquement, il consistera à modifier et/ou développer des outils pour 1) gérer les données 2) identifier les régions QTL et 3) fournir l'annotation fonctionnelle des régions d'intérêt, le workflow sera utilisé pour les projets de recherche existants et futurs, pour les projets de recherche avec la société EVOLUTION, et dans les futures collaboration de l'équipe de recherche


agrocampus ouest
biomathématicien
L’objectif de ce travail est de développer des modèles mathématiques et informatiques permettant de reconstruire la généalogie de certains cultivars végétaux dans le but d’optimiser leurs croisements.
La généalogie des individus diploïdes étudiés constitue le plus souvent un réseau comportant des cycles que l’on appelle un pedigree. Le matériel disponible comprend certaines données génotypées de ces cultivars et de leurs ancêtres sur 3 à 6 générations. La question qui se pose est de savoir quel est le réseau le plus vraisemblable reliant l’ensemble de ces individus. Nous nous proposons d’aborder cette question en développant à la fois des techniques de reconstructions stochastiques liées à la théorie des graphes et réseaux stochastiques ainsi que des méthodes déterministes d’optimisation telles que le principe du maximum de parcimonie ou le principe du minimum d’évolution.
La théorie de la coalescence sera également appliquée aux jeux de données disponibles afin d’étudier la dynamique des lignées génétiques sous-jacentes. Les objets mathématiques impliqués sont alors des arbres aléatoires à partir desquels sont construits certains processus stochastiques indexés par les générations successives. Ces processus possèdent le plus souvent un caractère markovien et permettent de modéliser la dynamique et tout particulièrement de résoudre les problèmes de parenté entre individus.


Université paul sabatier
Docteur en bio-mathématique
La construction d’un nid est un comportement que l’on rencontre dans tout le règne animal. Ce nid aura en particulier le rôle de protéger l’animal, sa progéniture et la nourriture, des conditions extérieures et des éventuels prédateurs. Les nids les plus spectaculaires résultant d’activités collectives.
Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à l'effet d'une variation environnementale, la rugosité du substrat, sur les structures résultant de l’activité de construction chez la fourmi Lasius niger, notamment des piliers dont nous avons observé la dynamique spatio-temporelle grâce a un scanneur de surface. Nous n'avons trouvé aucun effet de la rugosité sur les variables étudiées (vitesse de construction, distances inter-pilier).
Dans un second temps, nous nous sommes intéressés au phénomène de déplacement chez la fourmi Lasius niger. Nous avons construit un modèle de pistes avec angle de
perception et un autre modèle avec diffusion de phéromones. Une analyse de sensibilité a montré que la vitesse d'apparition de pistes est fortement influencé par le taux de dépôt et d'évaporation de phéromones, moins fortement par l'angle de perception et qu'elle est quasiment indépendante de la diffusion de phéromones.
Enfin, nos recherches ont porté sur le phénomène thigmotactique chez la fourmi Lasius niger. On a d'abord confirmé que les fourmis Lasius niger ne déposent pas de phéromones pendant la phase exploratoire. Pour comprendre la distribution spatiale durant l'exploration, nous analysons les comportements thigmotactiques de Lasius niger et identifions les règles comportementales pendant le déplacement et les arrêts des fourmis. On a construit une hiérarchie de modèles individus-centrés de mouvements individuels pour vérifier si ces règles comportementales peuvent expliquer la distribution spatiale des fourmis. On a trouvé une bonne cohérence qualitative, mais une nouvelle méthode de sélection de modèle indique que tous nos modèles sont quantitativement différents des observations.



Formations
master 2 - UPJV
master 2 en analyses appliquées et modélisation

master 1 - ISIMM
master 1 en mathématiques appliquées


Matrîce des compétences
CompétenceNb.Année(s) d'expérienceDernière UtilisationNiveau
perlEntre 1 et 3 ans d'expérience< 6 moisAvancé
matlabEntre 5 et 10 ans d'expérience< 6 moisAvancé
REntre 3 et 5 ans d'expérience< 6 moisAvancé
C++Entre 1 et 3 ans d'expérience6 mois - 1 anAvancé
fortranEntre 3 et 5 ans d'expérience1 - 2 ansAvancé
unixEntre 5 et 10 ans d'expérience< 6 moisAvancé

Maîtrise Linguistique
Niveau Oral : Courant
Niveau Ecrit : Courant

Niveau Oral : Moyen
Niveau Ecrit : Moyen

Niveau Oral : Maternelle
Niveau Ecrit : Maternelle


Divers





 
 


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