STAGE - Ingénieur.e Recherche Bioinformatique (F/H)

Dassault Systèmes, l'entreprise de la 3DEXPERIENCE, est un « accélérateur de progrès humain ». Elle propose aux entreprises et aux particuliers des environnements virtuels collaboratifs qui leur permettent d'imaginer des innovations plus durables. En développant un jumeau virtuel du monde réel, grâce à la plateforme 3DEXPERIENCE et à ses applications, Dassault Systèmes donne à ses clients les moyens de repousser les limites de l'innovation, de l'apprentissage et de la production.

Les 20000 collaborateurs de Dassault Systèmes travaillent à créer de la valeur pour nos 270000 clients de toutes tailles, dans toutes les industries, dans plus de 140 pays. Pour plus d'informations, visitez notre site www.3ds.com/fr

Sujet : Single Cell phylogénie et intégration omics

L'organisation Virtual Twin of Human Technology de Dassault Systèmes est une équipe pluridisciplinaire dans des domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise. Elle réalise une veille scientifique et technologique permanente ainsi que des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité des nouvelles technologies et des connaissances scientifiques à une nouvelle dimension de la santé humaine.

Au sein de l'équipe Metabolic Twin, notre projet d'estimation du risque cardiovasculaire pour des personnes à haut risque nous amène à développer des algorithmes d'intégration de données hétérogènes complexes. Nous travaillons en lien étroit avec des cliniciens, des cardiologues et des académiques.

Contexte scientifique

Les maladies cardiométaboliques - diabète de type 2, dyslipidémie, athérosclérose - sont aujourd'hui reconnues comme des pathologies inflammatoires chroniques. Le système immunitaire adaptatif y joue un rôle qui reste mal caractérisé.

Les cellules immunitaires présentent une propriété biologique remarquable : leur récepteur (BCR) constitue un code-barres moléculaire unique. Il est donc possible de reconstruire par méthodes phylogénétiques l'histoire généalogique de chaque famille clonale, à partir des mêmes cellules dont on mesure par ailleurs le transcriptome.

Hypothèse de travail du stage : l'état métabolique modifie l'architecture de la réponse immunitaire. Cette signature serait mesurable dans le sang périphérique et constituerait un candidat pour l'enrichissement des modèles de risque cardiovasculaire.

Vos missions

Lors de ce stage, vous développerez et intégrerez un pipeline bioinformatique reproductible permettant, à partir de données brutes de séquençage en cellule unique, de reconstruire la phylogénie des familles clonales de lymphocytes et de la coupler au profil transcriptomique de chaque cellule et patient.

Vous travaillerez en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de l'équipe Metabolic Twin ainsi que ceux du département Virtual Twin for Human ainsi qu'un chercheur Académique.

Étapes de travail

1. État de l'art et qualification des données

• Identifier et analyser les méthodes de reconstruction de lignage cellulaire décrites dans la littérature
• Qualifier la disponibilité, la complétude et les conditions d'usage des données publiques et de leurs métadonnées cliniques

2. Implémentation du pipeline de répertoire immunitaire

3. Intégration et analyse

4. Validation et restitution

• Documentation, conteneurisation et livraison du pipeline
• Synthèse des travaux et présentation aux autres membres de l'équipe

Vos qualifications

Actuellement en Master 2 / Bac+5 en École d'ingénieur ou Université, vous vous spécialisez en Bioinformatique / Computational Biology et recherchez un stage entre 5 et 6 mois.

Compétences techniques souhaitées :

• Connaissances de données omiques et des outils bio-informatiques
• Connaissance d'un gestionnaire de pipeline type Nextflow et/ou Snakemake
• Excellent niveau de programmation en Python et/ou R
• Travail sous environnement Unix
• Utilisation d'outils de conteneurisation (Docker, Podman, Apptainer)
• Des notions d'analyse de données de cellule unique (Scanpy, Seurat) et/ou de statistique appliquée (modèles mixtes) seraient un vrai plus
• Un intérêt pour l'immunologie ou la phylogénétique serait apprécié, sans être requis
  
  Compétences professionnelles souhaitées :
• Créativité et esprit de collaboration dans l'échange des idées avec les autres membres du département
• Autonomie et force de proposition
• Rigueur dans votre conduite technique du stage
• Pédagogie dans la présentation et l'explication des résultats du stage

Ce que le stage vous apportera

• La maîtrise d'une chaîne d'analyse multi-omique complète, du fichier brut au résultat statistique
• Une expérience de développement de pipeline reproductible en contexte industriel
• Une exposition directe aux questions clinico-biologique portées par l'équipe et ses partenaires

Nous rejoindre c'est aussi

Intégrer une entreprise scientifique au cœur de l'innovation technologique, portée par une forte croissance depuis plus de 40 ans.

Principaux avantages et bénéfices :

• Environnement collaboratif et innovant
• Collaboration internationale
• Diversité des technologies, produits et solutions
• Engagement en faveur de la diversité et de l'inclusion